明治村幻想は、タイトルどおり、博物館明治村を舞台に現代と明治時代のパラレルワールドが共存する不思議な空間で物語が進行する。明治村は普段は見学者が明治時代の代表的な建造物に触れて楽しむ建築物の博物館でしかない。ところで、建物にはそこに住んでいた人間の魂が宿るという。もしそうなら、明治村にある森鴎外・夏目漱石邸にはどこかに鴎外と漱石の魂が漂っていても不思議ではない。夏の別荘とともにラフカディオ・ハーンこと、小泉八雲がそこに住み着いているかもしれない。名古屋にある私立女子校の生徒綾乃が何らかの事件か事故に巻き込まれて明治村で失踪した。大学のレポートを書くために明治村見学に来た女子大生なるみが、夏目漱石の小説の主人公らしい猫に導かれて現代の明治村から明治時代の明治村というパラレルワールドにタイムスリップしてしまった。そこで出会ったのが博物館明治村を作った二人の人物であった。二人の人物は明治村に住み着いた歴史上の人物が現代にタイムスリップしないように監視を続けているのであった。二人は明治村の住人と現代人との間にトラブルが起こらないように、なるみに綾乃を元の世界に連れ戻してくれるように懇願する。綾乃が若い鴎外と深い関係に陥らないか心配しているのだ。奇妙なことに、漱石はなるみを綾乃に引き合わせる役割を引き受ける。

なるみと綾乃は無事、元の世界に戻れるのだろうか？