新・連合艦隊の出撃で日本自衛軍は、極東覇権を企む中国の野望を阻止した。だが、アメリカは極東最大の海軍国に君臨する日本に危機感を抱き、連合艦隊解体を要求した。山本五十六は帝国海軍を自ら葬る意思はないと覚悟したとき、正体不明の核ミサイルが柱島の新・連合艦隊を直撃！！伊勢、日向の戦艦群と空母蒼龍と飛龍を消滅させた。一方、パールハーバーに１９４４年の太平洋艦隊が突如出現。新・連合艦隊と近代武装化した、米太平洋艦隊がマリアナ沖で激突した！！