「名探偵コナン」劇場版ノベライズ。
朝焼けの海に浮かぶ、爆弾を積んだ謎の不審船。その船がすべての始まりだった――。京都、舞鶴港沖。海上自衛隊によって、貴重なイージス艦の体験航海が開催されていた。電子武装されたハイテク艦で繰り広げられる大迫力のクルーズを楽しむコナンや蘭、小五郎、そして少年探偵団たち。しかし突如、轟音が響き、艦内に不穏な空気が流れる。やがて間もなく、左腕のない遺体が発見される。しかも、なんと自衛隊員の遺体だというのだ！
そこには、いくつかの不審な点が残されていた…。捜査に乗り出したコナンは、艦内に某国のスパイ“Ｘ”が乗り込んでいることを知る。はたして、スパイ“Ｘ”とは何者なのか？　そして、不審船との関係は…？
※この作品はカラーイラストが含まれます。