世紀の大発見が、ここにある！
のび太が恐竜博の化石発掘で見つけた化石。恐竜のたまごだと信じたのび太は、タイムふろしきで化石を元の状態に戻すと…生まれたのは双子の恐竜！　しかも、未発見の新種だった。のび太に似て、ちょっと頼りないキューと、おてんばなミュー。個性の違いに苦労しながら、親のように愛情たっぷりに育てるのび太だったが、やがて2匹が現代で生きていくには限界が来てしまう。キューとミューを元の時代に返すことを決心したのび太は、ドラえもんや仲間たちとともに6600万年前へと出発。キューやミューの仲間を探す旅がはじまった！