〈レインボーマシン〉の謎を解き明かせ！
「ボクの名前は──パラゴン」
庭にひっそりと建つ物置の下で静かに眠っていたのは、一体の人工知能ロボットだった。
生まれつき色を識別できない少年オーデン・デアは、伯父の天才科学者ヨナ・ブルーム博士が発明したと思われる「レインボーマシン（＝色が見えるようになる機械）」を探しはじめる。
そんな中出会ったのが、人工知能ロボットのパラゴンだった。
エミリー・ディキンソンの詩を暗唱し、太陽系の惑星を知りつくしていて、鳥や草木、芸術にも詳しく、だれでも一瞬で笑顔にできる天才的なユーモアまで持っている。そんなパラゴンや、親友の女の子ヴィヴィ・ルークミニと触れあう中で、オーデンの考え方や内面にもだんだんと変化が現れる。
パラゴンとオーデン、そしてヴィヴィがさまざまな謎を解決していく中で、次第にレインボーマシンのこと、この世界のこと、そしてパラゴンの秘密が明らかになっていく。