警視庁の密命を果たす、闇に紛れる忍びの者。
「悪党ども、首を洗って待っていやがれ」
警視総監から和綴じの書物を直接手渡された女性警察官僚は呟いた。
その書物の表紙には、特殊な顔料で記された題名が、暗闇の中に浮かび上がっていた。
『忍術指南書』、と――。
東新宿警察署の沢田欣珠（よしみ）は、先輩刑事の多胡武夫と売買春の現場を押さえるべく、網を張っていた。
人身売買、ひいては、新型の違法薬物《ブルー》を製造・密売する反社組織を一網打尽にするためだ。
しかし、欣珠は容疑者を追っている最中、不意を突かれて何者かに拉致されてしまう。
偶然現場に通りがかった、警務課の工藤啓太郎は逃走車両の追跡を開始。
首尾よく救い出し、欣珠の自宅まで送るが、アパートが火事で近づけず、ふたりは戸惑う。
まさか、反社組織の仕業なのか……。
女性警察官僚からの密命を帯びた工藤は、一体どう動く？
巨悪を狩るため陰に生きる、日の目を見ぬ現代忍者の隠密捜査が、今ここにはじまる！