試験飛行中の最新鋭惑星間航空機イントレピッドⅣが何者かにハイジャックされ、消息を絶った。連合警察危機管理本部のシャヒーヌ危機管理管制官は、エル・ファラド解放戦線によるクーデター計画の一環と断定、次なる標的は火星の衛星フォボスであると警告を発した。だが、避難勧告の甲斐もなくフォボスの基地グラディウス３は、先回りした偽の救援隊によって占拠されてしまう！　グラディウスを奪回すべく、シャヒーヌ管制官は月面に駐留する連合警察強襲部隊を差し向ける決断を下すが！？