ＱＥ２乗取りに呼応して、ソ連のバルト三国で民族主義者が組織的に蜂起した。東京とＱＥ２を人質に、核ミサイルの目標をソ連へと変更する横浜沖の原潜“レニングラード”。ソ連は米軍機に擬装したスホーイ－25を東京上空に侵入させるが、乗取り犯から情報を得た航空自衛隊のＦ－15に迎撃される。たび重なる情報漏れに疑心暗鬼となる米ソ首脳、そして両国情報機関。日本は海上自衛隊潜水艦“ゆきしお”の大胆な作戦にかけるが……。