警察庁の公安秘密組織『十三階』はテロリストを排除する超法規的スパイ集団。規格外の女スパイ・黒江律子と上司の古池慎一は夫婦となったが、天方首相の娘・美月の恋人を謀殺してしまいアメリカに逃亡。産まれたばかりの息子と束の間の平和を味わっていたが、十三階指揮官の藤本のもとに律子の名前を騙るテロリストから爆弾が届き、事態は一変。即時帰国となる。テロリストの狙いは十三階かと思いきや、新幹線爆破計画が新たに浮上。見えない敵に翻弄されるなか、天方美月が古池ににじり寄り、十三階はピンチを迎える。大人気シリーズ第四弾！