後継者問題で内紛に陥っていた北朝鮮が、国力回復を狙って日本各都市にテロを決行し、ミサイルよる原発攻撃をしかけてきた！海空自衛隊、海上保安庁は緊急出撃。日本は北朝鮮との開戦を決意する。
国産戦闘機Ｆ‐２「バイパー・ゼロ」を放ち、新鋭艦隊と連携作戦を敢行する自衛隊。その先制攻撃が功を奏し、日本は優位に休戦締結を結ぶ。
だが、世界各地が未曾有の地震、豪雨などの天変地異に襲われ、各国の指導者たちは自国の利益と再建を求めて、戦意を高揚させていた。とくに亡国の岐路に立たされたロシアと中国は、その野望の牙をアジアの盟主となった日本に向ける！
再びの「日清・日露戦争」は、世界全体を巻き込む果てしなき大戦へと動きだした。