訳あって男として洗礼を受けた侯爵令嬢のベルンシュタインは、女子禁制の全寮制士官学校で暮らしている。幼馴染の王子にも女であることは秘密だ。唯一ベルンシュタインが女だと知っている幼馴染の侯爵子息の協力を得て、女であることを隠しつつ士官学校で生活。周囲と信頼関係を深めていく。
しかし、王子への恋心を自覚したことで、女であることと、男として生きることの狭間で揺れ動くベルンシュタイン。王国に女騎士団の設立を夢見つつ、領地で女騎馬隊を設立するなど、ありのままの自分で生きていける道を模索していく。
そこに、隣国から女でしか戦えない魔物が現れ、騎士たちは次々と倒れていく。ベルンシュタインは、皆に女であることがバレると分かっていながら魔物と戦うことを決意し──。
『氷月の騎士は男装令嬢～なぜか溺愛されています～【分冊版】2』には「５　男装令嬢の士官学校生活」～「８　光芒の騎士と氷月の騎士」までを収録