本書は，第1章から第3章および終章の，4つの章から構成される。第1章では，保全と持続的利用を考えるうえで必要とされる，必要最低限のニホンウナギの生態の特徴を簡潔にまとめた。第2章では，個体数減少の状況からその理由まで，ニホンウナギの現状をまとめている。第3章では，放流など現在行われている保全と持続的利用のための対策を整理し，それに基づいて本種の生態に適した保全と持続的利用の方策を，漁業管理，河川と沿岸域の環境，社会における情報共有と合意形成の視点からまとめている。終章では，第1～3章およびコラムに基づき，日本社会の実情も勘案して，保全と持続的利用を実現するための具体的な方策「ニホンウナギの保全と持続的利用のための11の提言」を提案している。
ニホンウナギ減少の問題は，伝統的食文化の問題であると同時に，環境保全と開発のバランス，資源の持続的利用という，より大きな問題をその背景としている。本書は，この問題を大局から俯瞰し，問題解決というゴールへ適切に近づくための羅針盤である。