2000年夏、核爆撃直前の日本。平和で平凡な毎日を過ごす高校生達は、神の称号をもらうゲーム「プロジェクト・ジパング」にハマり、ついにプログラムを完成させる。だがそこで表示されたのは日本への核爆弾投下プロジェクトだった。友也（トモヤ）・横田（ヨコタ）・明史（アキフミ）は半信半疑ながら、それぞれに真相を探ろうとするが、ついに8月9日を迎えてしまうことに――。そして2017年の日本では、ゲームで選ばれた“12天”の生き残りや生まれ変わりが次々に命を狙われていた…。