ZOO－X（ズーエックス）の旧科学者棟に潜入したゲオは、父・影尾明（カゲオアキラ）がクローン研究をし、自らのクローン・暁（アキラ）を何十体も作り続けていたことを知る。「オレは父さんのクローンなのか…？」思い悩むゲオは、父のかつての研究室に潜入し、ある真実を知る――。一方、米軍は精鋭部隊を集結させ、クリスタル・チップの奪回と伐（バツ）の身柄確保作戦を開始。“12天”であるザットとガラシャは、何者かに命を狙われ始める…。