独立国「やまと」を宣言した原潜「シーバット」。海江田四郎率いる「やまと」は、世界に新しい軍事バランスを生みだそうとしていた。「やまと」の処分をめぐり対立する日米首脳会談の席上、米大統領ニコラス・J・ベネットは日本政府に対し、日本再占領を通告した。一方、日・米・ソ3国の艦隊が対峙する沖縄沖では、ソ連潜水艦隊の包囲網を突破した「やまと」が米空母「ミッドウエー」に向け、魚雷を発射する。