米大統領ベネットが仕掛けた「やまと」撃沈作戦“オペレーション・オーロラ”。その主役である最新鋭攻撃型原子力潜水艦「シーウルフ」の前に「やまと」は劣勢をしいられる。北極海の氷塊を利用した巧みな操艦により、ついに反撃の機会を得た「やまと」だが、その直後、後方に新たな原子力潜水艦が出現！驚くべきことに「シーウルフ」は2艦存在したのだ！