奈良理科大の世界的数学者である四日市（よっかいち）教授が、優秀な同志を求める「黒い三角定規」に狙われているという情報をキャッチし、「黒い三角定規・特別対策本部」の武藤（むとう）と大山（おおやま）は渚を伴って奈良に向かった。しかし、現地に到着早々、四日市教授の護衛に当たっていた大山と奈良県警の西村（にしむら）が麻酔薬を打たれ、教授が拉致されてしまう。古都・奈良の大学を舞台に渚と犯人の知恵比べが始まる！