十年前の世界同時大災害で家族を失った少年・大橋タカヤは、ある日、機械仕掛けの化物と遭遇する。現れた二人の少女が化物と戦うが、二人ともピンチに陥ってしまう。そのときタカヤの力が覚醒し、化物を撃退した。戦闘後タカヤは、大災害が、実は人類に反旗を翻したＡＩによる侵略だったと知らされる。そして二人の少女は愛華と美帆といい、虚数兵器デイブレイクを用いて機械仕掛けの悪魔――メカニクスと戦う存在らしく……!?