月が落ちてくる。正体不明の『敵（エネミーズ）』の攻撃を受け、人類の滅亡はもはや秒読みだった。そこに現れたひとりの少年。彼は戦地に身を投じ、世界を救い、姿を消す。人類は彼を救世主と呼んだ。３年後。特級戦闘要塞都市『アラヤシキ』にて記憶喪失の少年・神代カイルが保護される。彼は神か、悪魔か、それとも救世主か？『文豪ストレイドッグス』原作者が描く、ＳＦ冒険譚ここに開幕！