校舎で怪奇殺人事件発生!!　怪奇殺人事件の犯人を追え!!　帝国少年諜報部ミカドボーイ3号として、伝説の元情報将校・神田の下で新米スパイとして働くことになった主人公・柴田英人（通称：ヒデ）。ミカドボーイ2号の銀とともに帝都に巣食う闇に挑む！　2人にくだされた次なる指令は自分達の通う学院の英国人教師のスパイ疑惑を調査すること。ターゲットのMr.スミスは、ヒデが軍人になることを止めようとするような優しい先生。そんな人が日本の機密を英国に売るような事をするはずない。疑念を抱きながらも、Mr.スミスの部屋に潜入するヒデ。しかし、そこには目を疑うような光景が広がっていた！　本当にスミス先生はスパイだったのか？　真の黒幕の正体とは？