現代社会を舞台にした乙女ゲームに転生した悪役令嬢・桂華院瑠奈。
21世紀を迎えた日本では恋住劇場が開幕し、瑠奈はその中で『小さな女王陛下』として辣腕をふるっていた。
子供の身でありながら国政だけでなく世界情勢にも関与し、事業としても新宿新幹線の開通を目指す。そんな瑠奈の特異性を嗜め、『子供のままで居なさい』と叱る大人は、政策的には敵対する恋住総理ただ一人だけ。
それでも、瑠奈は新たな味方として赤松商事の精鋭である岡崎祐一を引き入れ、起こりうる未来の回避に全力を注いでいく。
――そして迎える2001年9月11日。
九段下桂華タワーで落成記念パーティーを催したこの日、世界が変わる。
「ゆっくり休みなさい。そしてありがとう。ここからは、大人の仕事だ」
現代悪役令嬢による日本再生譚、第３幕！