12歳になったロイ・アヴェイラム。アルティーリア学園に進学し、本格的な魔法の授業が始まっていた。入学して初めての夏休み前、ロイのもとに大学教授から魔法学の講演会の招待状が届く。貴重な機会だと、ロイはペルシャ、エベレスト、マッシュを連れて参加することに。しかし、この講演会は悪夢の始まりだった――。
講演会の当日、ロイたちは最先端の研究発表を満足しながら聞いていたが、突如事件に巻き込まれてしまう！　会場にテロリスト集団が襲撃をかけてきたのだった……。参加者が次々と襲われ、会場は混乱の渦となる中、ロイも標的にされてしまう。絶体絶命のピンチかと思われたが、ロイの放った魔法で窮地を脱する!!
襲撃事件の後、普段の生活に戻るロイ。しかし、テロリストを恐れる学園は、学園祭を急遽中止することに決めた。そんな犯罪者の恐怖に怯える学園に反発したロイは、対抗派閥のヴァンと手を組み、学園祭を復活させるため動き出す！