万物を視破る「神の眼」を得た天地灰は、
愛する妹・凪を救う治療法を探るため、
再び過酷なキューブ攻略の日々に挑む。

探索の道中に立ち寄った集落「夜鳴村」で
凪とよく似た少女・渚に出会った灰は、
彼女から「消えたキューブ」の噂を耳にする。

神の眼を駆使してキューブを発見するも、
突如としてキューブは限界を迎え、崩壊。
溢れ出た凶悪な魔物の群れが村を飲み込み
無防備な渚へと牙を剥き襲い掛かる――!?

さらに、この騒動の裏には世界を脅かす
テロ組織「滅神教」の影が潜んでいて……。

少女を救うため、少年は災禍に飛び込む。