魔族の都市『グレイレイクシティ』に秘匿されていた大量破壊兵器『明けの落陽』の内、一つを破壊したセイラとリュカ。
残る『明けの落陽』を探す二人は闇オークションにて戦時中に作られた決戦兵器が出品されると聞く。しかし、そこにあったのはかつて存在を抹消されたはずの人間軍元大佐・ノーマンを頭（かしら）とする反魔族ゲリラが活動をしている痕跡。新たな争いの火種を起こさせないためセイラは単身、ゲリラの潜伏先候補と見られる『聖（セント）白百合女学園』に潜入することになる。そこでは未だ数十人の女学生が戦時中のような生活を送り、さらに監視するようにシスターが目を光らせていて……!?