究極文明が遺したロストテクノロジーを巡って争う上位区画民と下層区画民、その対立に介入する謎の融機人間オーガン・ディバイダー、三者の激突はこの世界すなわち「超巨大構造体」の存続をも揺るがす規模にエスカレートしてゆく。戸田さんと佐和さんの仇怨、打撃群の最強部隊「殲滅隊」が目論む起死回生、そして上位区画民の始祖が追い求めた「最初の遺物」－－すべての因縁がここに決着する！