「鳥羽伏見の戦い」を幕開けに、激化していく戦争。進軍してくる薩長軍から大坂城を守るため、新選組、見廻組、別撰組が集結し、幕府軍最強戦力の部隊を結成する。しかし―――「淀藩謀反」。岩倉具視に仕掛けられたこの策謀により、戦争の形勢は一転、新撰組は窮地に陥ってしまう。絶体絶命の中、仲間の命を守るため、敵軍の前に一人の漢が立ちはだかる。漢の名は井上源三郎。新撰組六番隊組長・井上源三郎最期の戦いが始まる。