人類が新たなフロンティアとして海中を求めた近未来。国連は海中監視機構｢AO(あお)｣を結成し、海中移住計画を推進していた。だが盲目の怪人 ソーンダイクが海中帝国建国を企み、海洋テロ結社｢ジオス｣を率いて世界に宣戦を布告。｢AO(あお)｣の潜水艦部隊<ブルーレイバーズ>の｢6番艦｣(あおろく)は｢AO｣の本局へ向けての航海中、｢ジオス｣の巨大海中艦ジオス･ガーフィッシュと接触。なんとガーフィッシュに｢6番艦｣は丸呑みにされてしまう。｢6番艦｣司令 海音寺は、状況を変えるためにガーフィッシュの体内での魚雷発射を命じた!新たなシーウォーズの戦端が開かれる!