温厚だった人間が突如として凶行に及ぶ「豹変事件」と呼ばれる怪事件が頻発する現代日本。
風鳴高校に通う女子高生・高本茜は、ある日、学校で発生した無差別殺傷事件に巻き込まれてしまう。
豹変した教師によって、またたく間に学校は惨禍に呑まれ、茜もまた窮地に立たされる。
だがその時──茜の中で異能「魂響（たまゆら）」が覚醒する。
物質に宿る魂と自身をリンクさせるその力で、校内に展示されていた古い木刀に宿る剣豪の魂と一体化し、凶悪犯を撃退する茜。
しかし、それは始まりにすぎなかった。
豹変事件の裏に潜む、異世界より現れし黒い影「インビジブル」。
そして、それを狩る組織「真断宗」に所属する少女・九条乃々羽との出会いを経て、茜は人類の存亡を賭けた戦いに巻き込まれていく。
これは、人知れず異形と戦う少女たちの絆の物語。